民国24年（1935年）3月8日前，五指山市境内的红毛下峒（今毛阳镇）、番阳峒（今番阳镇）属崖县管辖；水满峒（今水满乡）、同甲峒（今南圣镇）属定安县管辖；指（志）玛弓（今南圣镇）属陵水县管辖。

民国24年（1935年）3月8日，广东省人民政府新设保亭、白沙、乐安（因与江西乐安县同名，当年9月改为乐东县）3县，隶属琼崖绥靖委员会公署。境内崖县管辖的红毛下峒、水满峒划归白沙县，设毛贵乡、毛栈乡、通什乡、水满乡；番阳峒划归乐安（后改为乐东）县，设番阳乡；陵水县管辖的同甲峒、指（志）玛弓划归保亭县，设南圣乡。

民国37年（1948年），通什乡划归保亭县管辖。1953年7月，广东省海南黎族苗族自治区从乐东县抱由镇迁驻通什乡。1955年10月，海南黎族苗族自治区改为海南黎族苗族自治州，通什乡为自治州首府驻地。1956年12月24日，境内通什镇、南圣乡、畅好乡、毛道乡，隶属保亭县。毛栈乡、毛贵乡、水满乡，隶属白沙县。番阳乡隶属乐东县。

1958年9月，南圣乡与通什镇、福安干部农场、福安示范场、国营通什茶场合并，成立通什镇红旗人民公社；毛道乡、畅好乡11个社、国营畅好农场合并成立红星人民公社，隶属保亭县。同年10月，毛栈乡、红毛乡、水满乡3个乡合并，成立五指山人民公社，隶属白沙县。同年12月22日，五指山人民公社划归琼中县管辖。同年12月，海南黎族苗族自治州人民委员会迁往海口同海南行政公署合署办公，保亭县和崖县合并，通什镇红旗人民公社隶属崖县管辖。

1959年3月28日，红星公社并入通什镇红旗人民公社。同年10月27日，恢复保亭县的行政建置，崖县通什镇红旗人民公社划归保亭县。保亭县人民政府驻通什镇。11月14日正式办公。

1961年5月，五指山人民公社分成毛阳、什运、五指山、红毛4个人民公社，隶属琼中县。毛阳公社番塞（红山）大队划归通什镇红旗人民公社管辖；南圣人民公社、毛道人民公社成立，隶属保亭。同年11月，恢复海南黎族苗族自治州原办事机构。同年12月，畅好人民公社成立，隶属保亭县。

1962年2月，番阳人民公社成立，隶属乐东县。同年3月，海南黎族苗族自治州人民委员会迁回通什镇办公。

1963年11月，海南黎族苗族自治州决定，保亭县通什镇红旗人民公社划归海南黎族苗族自治州直接领导，保亭县人民政府迁驻保城镇。

1964年7月24日，经广东省人民委员会同意，通什镇红旗人民公社设立通什镇。1966年9月，通什镇红旗人民公社把番赛管理区划归保亭县成立红山人民公社。同年10月28日，广东省人民委员会办公厅同意将通什镇改为红旗镇。

1980年5月8日，恢复通什镇人民政府建置。同年10月9日撤销红旗人民公社，保留红旗镇建置。

1982年2月15日，红旗镇改为通什镇。

1983年5月，境内人民公社改为区公所。

1986年6月12日，经国务院批准，设立通什市（县级），行政区域包括原保亭县的畅好、红山、毛道、南圣区，琼中县的五指山、毛阳区，乐东县的番阳区和海南黎族苗族自治州直辖的通什镇等8个区、镇，隶属广东省海南黎族苗族自治州。

1987年1月2日，通什市撤销红山等7个区公所、通什镇和什会等38个小乡建置，全市设立南圣、毛阳、番阳3个镇和畅好、红山、毛道、五指山4个乡及冲山街道办事处。

1987年12月30日，海南黎族苗族自治州撤销，通什市隶属海南行政区和建省筹备组。

1988年4月，海南建省办经济特区，通什市隶属海南省管辖，享受民族自治地方优惠政策。

因通什市的“什”字读音是“zá”，而《现代汉语词典》中“什”字的正式注音“shí、shén、shèn”，没有“zá”的读音，给通什市与外界交流尤其是邮政通信、商务往来带来诸多不便；而五指山是海南岛的象征，主要山峰在通什市境内，通什市更名为五指山市，能更准确地反映出该市的地理特征，有利于扩大知名度，加快开发建设步伐，促进当地的经济和社会发展。据此，2001年2月13日，海南省人民政府向国务院请示将通什市更名为五指山市。7月5日，经国务院批准，通什市更名为五指山市。

2002年7月15日，海南省人民政府同意五指山市将原来的9个乡镇调整撤并为7个乡镇。其中，保国乡与畅好乡合并，设立畅好乡；红山乡与冲山镇合并，设立冲山镇；水满乡、毛道乡、毛阳镇、南圣镇、番阳镇原行政区划不变。

2012年4月26日，经海南省人民政府批准冲山镇更名为通什镇，原行政区划不变。